Padre Pio è un prete che nel corso della sua vita è stato protagonista di una lunghissima serie di miracoli, ottenendo un seguito immenso di fedeli provenienti dalle più diverse estrazioni. Il film racconta la sua esistenza, quando ormai l'anziano prete è un uomo stanco e malato, custodito nel convento di San Giovanni Rotondo. Una notte un uomo misterioso lo raggiunge con la missione di scoprire la verità su questo strano prete che rifiuta le autorità, sopratutto quella della chiesa, ma che la gente adora come un santo. L'interrogatorio sarà l'occasione per conoscere, attraverso una serie di flashback, tutti i momenti principali della vita di questo sant'uomo. A partire da quando da bambino, aveva le sue prime visioni mistiche, all'incontro con le figure che saranno importanti e fondamentali per la sua educazione, fino ad arrivare alla fondazione di un ospedale per i poveri che sarà il coronamento della sua vita.
