Siamo nel 23° secolo.L'astronabe della Federazione U.S.S. Enterprise sta svolgendo delle esercitazioni di routine e l'Ammiraglio James T.Klirk(William Sharter) sembra rassegnato al fatto che quest'incarico potrebbe anche rappresentare l'ultima missione spaziale della sua carriera.Ma Khan è tornato.Aiutato da un equipaggio di uomini geneticamente superiori,Khan(Riccardo Montalban)-grande rinnegato dalla Terra del 20° secolo.dopo aver assalito la Stazioen Regula One e aver sottratto un dispositivo top secret chiamato Progetto Genesis,ha ora preso il controllo di una astronave della Federazione e sta preparando una trappola mortale per Klirk,suo nemico di vecchia data.La minaccia è la distruzione totale dell'universo.Con la partecipazione di Kirstie Alley(Cheers),qui al suo sorprendente debutto cinematografico.