E' trascorso ormai molto tempo da quando l'era dei pirati spaziali è terminata:questi ultimi,sono stati tutti arrestati o hanno cambiato vita,tornando alla legalità.Kei Yuki,pirata donna apparentemente un tempo all'equipaggio della nave Arcadia,viene arrestata assieme ai suoi uomini.Secondo quanto si dice sul Pianeta Cumulo di Rifiuti,Kei Yuki era l'ultima dei componenti dell'arcaida a solcare ancora lo spazio in qualità di pirata,mentre tutti gli altri si erano dispersi;il leggendario capitano della nave,invece,Herlock,sembra ormai essere morto da tempo.Nel frattempo il professor Daiba viene raggiunto da quattro misteriosi individui che si fanno chiamare Noo.Questi ultimi lo uccidono e gli rubano una strana lastra con delle incisioni,ma prima di scomparire incontrano Tadashi,il figlio del professore,e Herlock.Egli invita il figlio del suo amico deceduto sulla sua nave,che presto tornerà a solcare lo spazio;per fare ciò,infatti,il capitano va a cercare anche il Dottore Zero,suo amico e componente di spicco dell'equipaggio dell'Arcadia.
