La festa per l'inaugurazione del nuovo anno scolastico alla scuola per fate di Alfea viene ancora una volta mandata a soqquadro dalle perfide Trix. Le Wynx, che presenziano in qualità di ex allieve, devono così fronteggiarle e rispedirle al mittente, ma non si accorgono che una delle streghe ha sottratto loro la bussola che conduce all'albero della vita, responsabile dell'equilibrio tra magia positiva e magia negativa nel mondo di Magix. Intanto, la bella Bloom ha ritrovato i genitori naturali, regnanti di Domino, e vive là da principessa, ma la proposta di matrimonio di Sky, giunta a coronare il suo sogno di felicità, viene improvvisamente e misteriosamente revocata dal ragazzo proprio quando anche i poteri magici di tutte le fate vengono meno. Colpa delle Streghe Antenate, che hanno risucchiato ogni energia positiva dall'albero e si apprestano a far regnare l'ombra e il male per sempre.
