Dopo la sua fuga il supercriminale Shredder unisce le proprie forze allo scienziato pazzo Baxter Stockman e ai due sciocchi scagnozzi, Bebop e Rocksteady, per scatenare un piano diabolico per la conquista del mondo. Quando le tartarughe si preparano ad affrontare Shredder e il suo nuovo team, si trovano di fronte ad un male ancora più grande ma con simili intenzioni: il famigerato nemico Krang.
